在潔凈廠房的設計中，建筑設計是一個重要的組成部分。潔凈廠房建筑設計要綜合考慮產品生產工藝要求及生產設備特點、凈化空調系統和室內氣流流型以及各類管線系統安排等因素，進行建筑物的平面和剖面設計。在滿足工藝流程要求的基礎上，恰當地處理潔凈用房和非潔凈用房以及不同潔凈等級用房之間的相互關系，創造較優綜合效果的建筑空間環境。潔凈室建筑設計的主要特點如下：

       1、潔凈室建筑設計所依據的潔凈技術是一門多學科的綜合性較強的技術領域。 應該對潔凈廠房所涉及的各類產品生產工藝的技術特點、廠房建造的各種技術要求、產品生產過程特征等進行了解;對潔凈室的微污染控制機理，污染物的產生、滯留、積存過程進行研究，將涉及物理、化學和生物學等基礎學科;對潔凈室的空氣凈化和水、氣、化學品的純化技術，各類高純介質儲運技術進行了解，涉及的技術學科也十分廣泛﹔潔凈室的防微振、噪聲治理、防靜電和防電磁波干擾等都將涉及多種學科，這樣才能較好地解決在工程設計中遇到的各種各樣的、具體的技術問題，所以說“潔凈技術”確是一門多學科的綜合性的技術。

       2、潔凈室建筑設計具有很強的綜合性。 它與一般的工業廠房建筑設計不同的是要著重解決為實現產品生產所要求的潔凈環境，統籌安排好各專業技術在平面和空間布局上出現的矛盾;以合適的造價，獲得較好的空間與平面的綜合效果，并較好地滿足產品生產所需要的潔凈生產環境。這里特別要綜合處理好潔凈室的建筑設計與潔凈室工藝設計、空氣凈化設計之間相互協調問題，諸如順應生產工藝流程、安排好人流與物流，潔凈室的氣流組織、建筑的氣密性和建筑裝飾的適用性等。

      3、潔凈廠房內通常除了設有潔凈房間之外，還應配置產品生產所需的生產輔助房間，人員凈化和物料凈化用房間、公用動力設施用房等。 因此潔凈室建筑設計必須協調好、安排好潔凈建筑內各類房間的平面、空間布置，盡量做到對較大限度的平面、空間的利用。潔凈室通常為無窗廠房或設有少量的固定密閉窗﹔潔凈室內為防止污染或交叉污染，設有必要的人凈、物凈設施和房間，一般平面布置曲折，增加了疏散的距離，因此，潔凈室建筑設計必須嚴格遵守相關的標準、規范中有關防火、疏散等方面的規定。

        4、潔凈室內的生產設備一般價格昂貴。 潔凈室建筑造價也較高，并且建筑裝飾復雜、要求嚴密性好，對選用的建筑材料和構造節點都有一定的要求或有嚴格要求。